Pada 16 November 2004, Pranjić membuat debut untuk Croatia dalam perlawanan persahabatan menentang Republik Ireland. Pada tahun 2007, beliau bermain sebanyak tiga perlawanan kelayakan UEFA Euro 2008 untuk Croatia.

Ketika UEFA Euro 2008, Pranjić membuat hantaran kepada Darijo Srna untuk menjaringkan gol pembukaan Croatia dan keputusannya Croatia menang 2-1 ke atas Jerman dan pada perlawanan seterusnya, beliau membuat hantaran kepada Ivan Klasnić, menang 1–0 ke atas Poland.

Pada 28 September 2012, Pranjić bersara daripada bola sepak antarabangsa selepas pengurusnya memanggil pemain kelahiran Brazil, Sammir.

Pada 10 November 2013, Niko Kovač memanggil semula Pranjić untuk sertai pasukan kebangsaan selepas Ivan Strinić mengalami kecederaan. Pranjić tersenarai dalam 23 pemain Croatia yang beraksi di Piala Dunia FIFA 2014 di Brazil.